Zalążkiem obecnego Muzeum były zbiory Zakładu Geologii Ogólnej Akademii Górniczej kierowanego przez prof. Walerego Goetla. Na przełomie lat pięćdziesiątych prof. Goetel wraz z mgr inż. T. Stopką i innymi współpracownikami urządzili pierwszą stałą wystawę w sali dydaktycznej gmachu głównego AG. Wystawa ta została nazwana „Muzeum” i służyła studentom. Przez wiele lat stanowiła jeden z reprezentacyjnych obiektów AGH. Od 1953 roku opiekę nad Muzeum powierzono dr. Januszowi Horzemskiemu. W czasie obchodów 40-lecia AGH narodził się pomysł urządzenia nowego, wielkiego Muzeum, dysponującego wnętrzami wszystkich korytarzy gmachu głównego AGH. W połowie lat sześćdziesiątych, ówczesna dziekan Wydziału Geologiczno-Poszukiwawczego, prof. dr Kamila Skoczylas-Ciszewska poczyniła pierwsze kroki w stronę nowego Muzeum. Miało być ono oddane w 1969 roku na obchody 50-lecia AGH. Została powołany Komitet Budowy Muzeum a jego przewodniczącym został prof. dr Józef Poborski, członkami byli: doc. dr Witold Żabiński, doc. dr Jerzy Małecki, dr inż. Andrzej Kubicz. Reżyserem całości ekspozycji, jej koordynatorem i realizatorem został Janusz Horzemski. Pomimo ogromnych starań na 50-lecie AGH udało się zrealizować tylko dwie wystawy: „Surowce regionów geologicznych Polski” autorstwa J. Horzemskiego i „Paleontologię” autorstwa S. Liszki, F. Łuczkowskiej, J. Małeckiego i T. Śmigielskiej. Ważną częścią tej wystawy były makrorekonstrukcje gadów Tarbozaurus bataa Malejev i Protoceratops.
20 maja 1969 roku, w przeddzień obchodów 50-lecia AGH, w obecności Jego Magnificencji Rektora AGH profesora Kiejstuta Zemaitisa, dokonano otwarcia Muzeum. W 1971 roku oddano kolejną wystawę, „Geologię dynamiczną”. Od 1971 roku Muzeum było jednostką w randze zakładu wchodzącą w skład Instytutu Geologii Regionalneji Złóż Węgli. Na ten okres przypada reżyseria głównej wystawy muzealnej: „Geologii złóż”. W 1973 roku, z inicjatywy Dziekana Wydziału doc. dr inż. Zdzisława Śmietańskiego, Muzeum zostało wyodrębnione z macierzystego Instytutu, nadając mu status jednostki samodzielnej w randze zakładu i nazwę Muzeum Geologiczne AGH. Kierownikiem został dotychczasowy p.o. kierownika dr J. Horzemski. Pełnił tę funkcję aż do odejścia na emeryturę w 1983 roku. W latach 70-tych Muzeum dalej realizowało założenia i realizowało kolejne części wystawy głównej. W 1976 roku powstała wystawa stała pt. „Zjawiska Krasowe”. W 1979 uroczyście obchodzono 60-lecie AGH i 10-lecie Muzeum Geologicznego. W 1983 roku kierownictwo Muzeum przejął inż. Wacław Potoczek. Następnie w 1985 roku kierowanie jednostką powierzono inż. Michałowi Olszewskiemu. Kierował on Muzeum do 1995 roku. Jego następcą został mgr inż. Remigiusz Molenda. W tym czasie Muzeum przygotowało wiele wystaw czasowych. W 1996 roku został wydany „Informator o wystawach stałych w gmachu głównym AGH”. W 1997 i ponownie 2002 roku we współpracy z Kopalniami Odkrywkowymi Surowców Skalnych w Krzeszowicach wydano folder „Zalas, Niedźwiedzia Góra – historia wydobycia, geologia, ekologia”. W grudniu 1998 roku Muzeum zorganizowało „XIII Wystawę i Giełdę Minerałów, Skamieniałości i Wyrobów Jubilerskich”. Od tego momentu giełdy minerałów stały się stałym elementem działań popularyzatorskich realizowanych w Muzeum. Pod koniec 2001 roku przeprowadzono kompleksową renowację wystawy stałej pt. „Geologia dynamiczna”. W grudniu 2002 roku Muzeum otrzymało sale ekspozycyjną tzw. Akwarium. To miejsce bardzo szybko stało się miejscem prezentacji wystaw czasowych i nowych okazów pozyskanych przez Muzeum. Pod koniec kadencji prof. dr hab. inż. Ryszarda Tadeusiewicza JM Rektora AGH na krużgankach I piętra Gmachu Głównego AGH powstały prototypy gablot wystawienniczych. Projekt został dokończony na początku kadencji prof. dr hab. inż. Antoniego Tajdusia JM Rektora AGH. Od tego momentu gabloty te służą do prezentacji wystaw stałych i czasowych oraz nowych okazów pozyskanych przez Muzeum.
W 2009 roku, z okazji 90-lecia AGH, zostały wydany album„Skarby Akademii Górniczo-Hutniczej Minerały, Skamieniałości, Skały”. W 2019 roku dzięki funduszom rektorskim przekazanym przez JMRektora prof. dr. hab. inż. Tadeusza Słomkę i przy wsparciu prof. dr hab. inż. Jacka Matyszkiewicza – Dziekana WGGiOŚ zmodernizowana została wystawa pt. „Zjawiska Krasowe”. W tym samym roku kierownictwo Muzeum zostało powierzone mgr Piotrowi Olejniczakowi. Z okazji obchodów 100-lecia AGH został wydany album pt. „ Agates from Kraków vicinity”.W 2020 roku rozpoczęły się prace na nową wystawą paleontologiczną, dobiegły one końca w 2025 roku. Otwarto wtedy wystawę pt. „PALEOBIOLOGIA – Innowacje w dziejach życia”, która zajęła miejsce ekspozycji pt. „Paleontologia” z 1969 roku. Realizacja tego projektu była możliwa dzięki funduszom rektorskim przekazanym przez JM Rektora prof. dr. hab. inż. Tadeusza Słomkę.

Zdjęcia archiwalne. Zbiory Zakładu Geologii Ogólnej. 1952 rok.

Zdjęcia archiwalne. Zbiory Zakładu Geologii Ogólnej. 1952 rok.